Las técnicas moleculares se están volviendo cada vez más útiles para disminuir los tiempos de procesamiento en el laboratorio, con los ensayos moleculares la identificación puede obtenerse en 2 a 6 horas.
Southern blot .- Es una técnica rápida q permite identificar al S.pneumoniae causante de la neumonía.
Hibridación con sondas moleculares específicas.- Se utiliza en la identificación de Legionella pneumophila
Microarrays.- Permite detectar staphylococcus aureus causante también de neumonía.
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